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T淋巴细胞对抗原的识别是产生与调节有效免疫应答的关键, T细胞只识别主要组织相容性复合物(MHC)呈递上来的抗原, 因此MHC与抗原多肽的结合就成为一系列免疫应答过程中基础的一环. 为了辅助疫苗设计, 多种机器学习技术已被普遍应用于MHC结合多肽的预报领域中. 本文以支持向量机(SVM)为手段, 以HLA-A*0201的实验数据集为对象, 对多种肽段编码方法形成的模型进行评价, 得到的AUC值的范...
氨基酸广义疏水标度(GH-scale)用于HLA-A*0201限制性CTL表位的定量预测研究
氨基酸广义疏水标度 HLA-A*0201 CTL表位 定量构效关系 遗传-偏最小二乘回归
2013/10/21
天然氨基酸149个疏水性质经主成分分析得到了一种新氨基酸描述子——氨基酸广义疏水标度(GH-scale). 用GH-scale结合遗传偏最小二乘(GPLS)算法对152个HLA-A*0201限制性CTL表位进行定量构效关系(QSAR)研究. 所建模型拟合及交叉检验复相关系数分别为<=0.813sPA CLASS="formnla">和Q2 = 0.725. 研究表明, 疏水作用在CTL表位与HLA...