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2024年11月1日,国际期刊Nature communications在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所钱友存研究组题为“Dietary nucleic acids promote oral tolerance through innate sensing pathways in mice” 的最新研究成果。该研究发现饮食来源的核酸可以在稳态条件下促进小鼠小肠中天然上皮内淋巴细胞(natu...
植物具备多层次的免疫系统,能够识别病原信号并激活免疫反应。但与对模式植物的相关研究相比,学界关于棉花对病原菌的免疫机制研究相对滞后。2024年11月5日,中国科学院微生物研究所张杰研究团队在Advanced Science上发表论文,题为Recognition of a fungal effector potentiates pathogen-associated molecular patter...
2024年11月1日,中国科学院生物物理研究所叶克穷研究组和北京生命科学研究所杜立林研究组合作,在《美国国家科学院院刊》(PNAS)上在线发表了题为A meiotic driver hijacks an epigenetic reader to disrupt mitosis in noncarrier offspring和Structural duality enables a single p...
2024年10月31日,中国科学院国家纳米科学中心施兴华团队联合清华大学高华健团队,开发了基于强化学习的增强采样方法——Adaptive CVgen,并将这一方法应用于蛋白质折叠和富勒烯(C60)合成研究。相关研究成果以Adaptive CVgen: Leveraging Reinforcement Learning for Advanced Sampling in Protein Folding...
2024年10月22日,方显杨研究员在《Current Opinion in Structural Biology》期刊在线发表了题为"Empowering the molecular ruler techniques with unnatural base pair system to explore conformational dynamics of flaviviral RNAs"的综述论...
肽段可检测性预测方法及系统,是中国科学院数学与系统科学研究院研发的一种蛋白质组学中利用深度学习预测肽段被质谱检测可能性的计算方法和系统。该方法对所有蛋白序列进行理论酶切,得到各理论酶切肽段;利用预先训练得到的基于肽序列的肽段可检测性预测模型(循环神经网络)确定各理论酶切肽段的第一可检测性概率,再结合预测的肽段酶切概率,确定肽段的最终可检测性。通过利用深度学习方法,以及融合肽段酶切概率,可以显著提高...
一种蛋白质无标绝对定量方法,是中国科学院数学与系统科学研究院联合中国人民解放军军事科学院军事医学研究院和北京蛋白质组研究中心研发的一种蛋白质组学中确定蛋白质绝对量的计算方法。该方法从筛选出的高可信蛋白质中选取出若干肽段作为高可信肽段,计算每一高可信肽段的物理化学性质及肽段定量效率;基于高可信肽段的物理化学性质和肽段定量效率,构建训练集;然后利用该训练集训练得到肽段定量效率预测模型;利用所述肽段定量...
种蛋白质组学中肽段的肽段定量效率预测方法,是中国科学院数学与系统科学研究院联合中国人民解放军军事科学院军事医学研究院和北京蛋白质组研究中心研发的一种蛋白质组学中预测肽段质谱定量效率的计算方法。质谱实验中相同浓度的肽的质谱信号强度往往存在很大差异。目前,蛋白质定量分析通常采用对肽质谱强度取平均的策略,由于肽质谱强度的测量误差非常大,这种策略只有当肽的数量很大时才有效,但是肽的数量通常较小。为了提高蛋...
一种基于子集错误率估计的肽鉴定方法,是中国科学院数学与系统科学研究院研发的一种蛋白质组学中肽鉴定的质量控制方法。在相同的打分阈值下,修饰肽鉴定和非修饰鉴定的FDR是不同的。所以,如果修饰鉴定的FDR必须分开单独估计。但是,当要鉴定的修饰丰度较低时,由于数据样本量不足,直接从数据(如用目标-诱饵库搜索方法)估计修饰鉴定FDR会严重失真。基于对实际的数据观察分析,提出了一种错误鉴定为修饰鉴定的条件概率...
2024年10月21日,《美国科学院院刊》(Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, PNAS)在线发表了中国科学院上海营养与健康研究所姚依昆研究组合作研究论文“AMBRA1 controls the translation of immune-specific genes in...
2024年10月16日,《自然》(Nature)在线发表了中国科学院上海免疫与感染研究所Daniel Falush研究组及其合作者完成的题为An ancient ecospecies of Helicobacter pylori的研究论文。该研究首次食报道了存在于土著人群和肉动物中的古老幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H. pylori)生态种(ecospecies)。该生态种...
农作物秸秆还田是一种常见的农田管理措施,在维持和增加土壤有机碳含量、提高农田土壤肥力和功能方面具有重要意义。同时,秸秆还田通过为微生物活动提供易于获得的碳、氮来源,以及改变土壤结构、气体扩散、土壤湿度等方式显著影响土壤氧化亚氮(N2O)排放。因此,阐明秸秆还田对原位土壤中N2O排放的不同影响机制对于农田土壤N2O减排至关重要。然而,目前关于秸秆还田对N2O排放的影响仍存在争议,尤其是田间原位条件下...
微小核糖核酸(miRNA)是一类短链非编码RNA,在基因调控中发挥关键作用。研究表明,异常的miRNA表达是多种癌症类型的基因畸变所致,并通过靶基因表达失调在癌症的发生发展中发挥作用。因此,较多miRNA与肿瘤的发病机制相关。建立miRNA诊断模型,有助于多种高风险的癌前病变的早期检测。
2024年10月10日,华中农业大学植物病害绿色防控团队李博教授课题组在Nature Plants上发表了题为“Holliday junction resolvase RuvC targets biofilm eDNA and confers plant resistance to vascular pathogens”的研究论文,揭示了青枯菌利用霍利迪连接体解离酶RuvC促进成熟的生物膜解离和细...
微小核糖核酸(miRNA)是一类短链非编码RNA,在基因调控中发挥一系列关键作用。2024年诺贝尔生理学或医学奖授予美国科学家Victor Ambros和Gary Ruvkun,以表彰他们发现了miRNA及其在转录后基因调控中的作用。研究表明,异常的miRNA表达往往是由多种癌症类型的基因畸变引起的,并通过靶基因表达的失调在癌症的发生、发展中发挥作用。因此,许多miRNA与肿瘤的发病机制密切相关,...

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