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《伤寒论》虽然着重论述伤于寒的外感病，但决不限于狭义伤寒，对整个外感病均有实际指导价值。后世温病学就是受了《伤寒论》的启示才逐渐形成和发展起来的。
《内经》是祖国医学的奠基著作，但侧重于基础理论，张仲景在《内经》的基础上，建立起辨证论治的临床治疗体系，提出了理法方药一整套诊治原则，记载了许多医疗经验。《伤寒论》主要论外感病，《金匮要略》则专论内、外、妇科等杂病，使祖国医学的基础理论与临床实践密切结合起来，为后世临床医学的发展奠定了基础，作出了重大贡献。
辨证论治是祖国医学独具的理论，而张仲景是这一理论体系的首创者。我国最早的古典医籍《内经》已经有了辨证论治思想，但还未形成完整的理论体系。因为辨证论治包括“辨证”与“论治”两大部分，必须体现理、法、方、药的一致性、连贯性、完整性。而《内经》显然还未达到，特别是论治部分更为欠缺。但在张仲景的《伤寒杂病论》中已处处得到体现。从近年来在内蒙居延、甘肃武威和长沙马王堆出土的汉代医学简牍来看，这些稍早于张仲景...
《伤寒论》载方113方，《金匮要略》载方205方。书中不少有名方剂，千百年来一直被历代医家沿用于治疗临床各科疾病，而且具有较高的疗效。故后世医家把《伤寒杂病论》赞誉为“方书之祖”，对后世方剂学的发展，影响甚大。
《金匮要略》全书有25篇，从第二篇“痉湿暍病脉证”到第十七篇“呕吐哕下利病脉证”及第十九篇共17篇，内容均属内科范围的杂病，论及四十种左右病证的辨证论治，内容较详，辨证确切，选方精当，奠定了中医内科学的基础。
张仲景在治疗危重急症方面也很有成就。如伤寒六经病证中的亡阳、亡阴及各种严重的逆证、坏证、变证等。在《金匮要略》中更记载了各种救治卒死的方法。如救急用“菖蒲屑内鼻两孔中吹之”，或“吹皂荚末鼻中，立效”，或“薤捣汁灌鼻中”等。这种吹鼻取嚏的救急方法，直到今天仍有运用，特别是一些中医儿科医生喜欢用此法抢救惊厥昏迷的患儿。
《金匮要略》第十八篇“疮痈肠痈浸淫病脉证并治”是专论外科疾患的。第二十篇至二十二篇是专论妇人妊娠、产后和杂病的，这是我国最早的比较系统的妇产科文献。
白云阁藏本木刻版《伤寒杂病论》，为张仲景第46代孙张绍祖所珍藏，几经辗转，才得以保存。1982年陕西省中医研究院院长米伯让遵照先师黄竹斋的遗愿，将其赠送医圣祠珍藏，医学家称这套木刻版为善版、珍版、绝版。
张仲景年轻的时候，在医学上就有了名望。但他仍勤奋好学，四处查访名医，登门求教。这一年，张仲景一位好友，要出外做生意，临行时说：“我这次要出远门，你给我看看，日后有没有大症候！仲景抚了抚脉，说：“明年只怕你要长个搭背疮！”好友惊讶道：“哎呀！常听你说，疮怕有名，病怕无名，长个塔背疮，我眼看不见，手摸不着，怎么治呀？”张仲景说：“不要怕！我给你开个药单，到时候，服了这付药，把疮挪到屁股的软肉上好了。
张仲景在任长沙太守期间，正值疫疠流行，许多贫苦百姓慕名前来求医。他一反封建宫吏的官老爷作风，对前来求医者总是热情接待，细心诊治，从不拒绝。开始他是在处理完公务之后，在后堂或自己家中给人治病;后来由于前来治病者越来越多，使他接应不暇，于是他干脆把诊所搬到了长沙大堂，公开坐堂应诊，首创了名医坐大堂的先例，他的这一举动，被传为千古佳话。